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[学习讨论] 关于染色体可及性检测方法

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 楼主| 发表于 2024-1-5 01:50:41 手机版 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 LSPdaihao999 于 2024-1-8 00:13 编辑
. r8 O4 K  o+ `$ T# U. F) f$ E' q# E  M' P* d" r6 }2 c(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
Chromatin accessibility profiling methods
2 g; p: B2 @5 P& h5 `, R    染色质可及性是指染色质的物理压实程度。染色质是由DNA和主要由组蛋白、转录因子(transcription factors,TFs)、染色质修饰酶和染色质重塑复合物组成的复合物。虽然真核生物的基因组通常被封装在核小体中,核小体由约147bp的DNA包裹在组蛋白的八聚体上,但核小体在基因组中的占据情况并不均匀,并且在不同的组织和细胞类型中存在差异。核小体通常在代表顺式调控元素(增强子和启动子)和其他与转录调节器(如TFs)相互作用的位置被耗尽,导致可接触的染色质。
, n" Z% |  o' H% I- T+ j$ |    在全基因组范围内对染色质可及性进行分析,是从细胞类型或细胞状态中推断调控元素的一个很好的工具。
9 O* i& o& F% M6 W2 h    染色质的翻译后化学修饰,包括DNA甲基化(在脊椎动物中)和组蛋白甲基化和乙酰化,是不同细胞状态之间的动态变化,类似于核小体定位。这些修饰改变了染色质的物理化学特性,这反过来又能影响转录凝集物( transcriptional condensates)的形成。此外,活性染色质重塑影响核小体占据;例如,SWI/SNF复合物利用ATP水解改变组蛋白DNA接触,从而重新定位或去除核小体。染色质可及性的最初变化是由TFs的结合引起的,TFs竞争组蛋白并招募辅助因子,包括ATP依赖的染色质重塑器,或者由TFs优先结合到它们在核糖体DNA中的识别序列上。这些被称为先锋因子( pioneer factors)的初始TFs的结合可以招募其他TFs共同结合并进一步稳定核糖体缺失区域,进一步促进对目标基因的基因表达的调节。
. Y( U2 O; v- d$ ^- l# p. ~; O9 `4 ]: u    DNase I仍然是TF足迹(TF footprinting)测定的首选试剂,由于TF本身对位点的保护,它可以确定TF结合位点的位置。
; Q1 A( N3 V4 ?( c: b. a3 z 51d49cdc8ff897de4a7908804c6a6779.png
9 z# Y3 d9 t7 J! b图1:批量和单细胞水平的染色质可及性分析显示了假定的调控区域。4 |% Q' K* u0 t& m% }! q& u(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
    a | 染色质的图谱表示,其中转录因子(TF)结合的增强子和基因的启动子被核糖体耗尽,从而可被访问。TFs用彩色的圆圈表示,箭头表示增强子到目标基因启动子的3D环。b | 包含三种不同细胞群的异质样本的大量和单细胞染色质可及性图谱。在进行单细胞染色质可及性分析时,稀疏的单细胞数据被用来对细胞进行聚类,通常随后对每个聚类的读数进行汇总,从而重新构建每个聚类或细胞类型的假性大体概况。
$ I7 `8 n& {7 T7 W. W; t: M3 ]5 L$ o7 L+ {1 U(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
表1 :三种最常用的染色质可及性分析方法的比较
7 w  B0 ]/ |+ L; v Screenshot_20240108_000246_cn.wiz.note_edit_1065676108470202.jpg Screenshot_20240108_000252_cn.wiz.note_edit_1065694336398845.jpg Screenshot_20240108_000257_cn.wiz.note_edit_1065711607992592.jpg

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参与人数 1软妹币 +255 收起 理由
navebayes + 255 cheese!!

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发表于 2024-1-8 00:18:04 | 显示全部楼层
基础50可读性50排版55内容75其他25总计255,希望下次可以看到更深刻和丰富的内容
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发表于 2024-1-5 09:45:31 手机版 | 显示全部楼层
是我的问题吗?怎么没看到图
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 楼主| 发表于 2024-1-5 11:55:11 手机版 | 显示全部楼层
7先生77 发表于 2024-1-5 09:451 X- E- m. h. C. P(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
是我的问题吗?怎么没看到图

0 m0 e3 D, R0 S9 B$ W确实没有,不知道是不是复制出了啥问题,算了,看个大概吧
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发表于 2024-1-5 15:23:59 手机版 | 显示全部楼层
LSPdaihao999 发表于 2024-1-5 11:55
( ~. c" A' T4 X8 m确实没有,不知道是不是复制出了啥问题,算了,看个大概吧
+ z: t* ~$ H, _(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
复制不带图片,要上传到附件然后添加进去
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发表于 2024-1-5 17:44:57 手机版 | 显示全部楼层
暂时不通过,请进行以下修改:0 G- u% t- ^. o/ p(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
补充缺失资料(图片等)
+ B) M4 H' Q7 Q" x排版(太乱了)
8 |+ x4 o: {8 I完成后预计奖励:260
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发表于 2024-1-17 08:01:32 | 显示全部楼层
啥意思 看懵逼了
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